氫氣發生器開機時，先用原料氫置換系統，從閥放空，待系統內的高純氮置換干凈后，根據用戶的原料氫內的含氫量和所需高純氫量，來選定操作溫度、操作壓力和馳放氣量，然后再通電加熱鈀管，從閥流出高純氫。
氫氣發生器升級時的注意事項：
系統保護
升級后，原有的保護還是必須存在的，就是壓力保護，當在線干燥塔與系統壓力差大于17PSI時，是不會切換的，干燥系統會反復沖壓，使在線干燥塔的壓力值與系統壓力值無限接近，起碼小于17psi。
切換方向性
原用切換裝置在外面是看不到具體的切換方向，只能通過觸摸屏上的顯示畫面才能判斷哪個干燥塔在線，哪個干燥塔再生。升級后，調節控制器外有指向坐標，可以直接判定在線干燥塔和再生干燥塔，但需要安裝時，初始位置的設定必須調節器和四通閥開通方向一致。
切換用時
原用馬達切換是瞬時切換，動作快，升級后調節器切換一次的動作用時是150s，比原馬達用時要長，但切換平穩，系統壓力不會產生過大的波動。升級后程序中電磁閥開啟的時間要進行重新設定，否則會在切換過程中開啟一次，隨有壓力保護會瞬間關閉，但是也容易使系統出口壓力產生下降，易造成下級設備（壓縮機）跳機。
